comision cu tva sau fara tva?

Buna ziua,

Lucrez la o firma de consultanta si pentru ca am adus un proiect nou, am hotarat sa primesc un comision de 10% din valoarea contractului de consultanta.
Cand s-a facut plata avansului (4000 de euro + TVA, adica 4960 de euro), ma gandeam ca trebuie sa primesc 10% din valoare, adica 496 de euro. Cand trebuia sa primesc banii, ma trezesc ca sefa mea voia sa-mi dea 10% din valoarea fara TVA.
Explicatia a fost ca ea asa stie, comisionul se da din valoarea fara TVA.
Intrebarea mea este: Cu ce anume afecteaza firma faptul ca mi-ar da 10% din valarea cu TVA? Iese cumva pe minus cu TVA-ul? Si daca da, in ce mod?
Mentionez faptul ca pentru a nu face contract de comision sa mai platesc si impozit pentu o suma asa mica, am convenit sa aduc o factura pe un laptop pe care abia l-am cumparat, in valoare de 27 de mil (fara TVA, valoarea facturii e de 22 de mil, deci mai putin de 496 de euro).
Multumesc

EDI T: mai am o intebare: in momentul in care voi primi urmatoarea transa de bani, mult mai mare, va trebui sa facem un contract de comision sau ceva asmenator, ca n-o sa mai pot sa aduc o factura cu o valaore asa mare. In acel moment, comisonul va fi din valaorea cu TVA sau fara TVA si din nou, cu ce anume afecteaza daca imi da din valarea cu TVA, daca oricum facem contact?