Compensare marfuri si transfer intre gestiuni

Intr-o societate exista doua gestiuni: una la depozit, alta la sediu.
Din depozit se transfera marfa la sediu, pentru a fi facturata la vanzare.
Gestiunea s-a descarcat scriptic gresit, uneori. S-a descarcat marfa direct din depozit (iar nu de la sediu, cum era firesc). Astfel, la efectuarea unui inventar s-a constatat lipsa la depozit 3 saci, insa la sediu erau cei 3 saci in plus. Acelasi cod de produs, acelasi pret. Sau mai exista situatii in care exista risc mare de confuzii intre produse (de exemplu garnituri rotunde cu garnituri plate, ele avand acelasi pret...)
Codul fiscal spune ca lipsurile din gestiune (daca sunt gestiuni diferite) se considera livrare de bunuri. Astfel, inainte de a face compensarea (respectiv transferul inapoi in depozit), ma obliga sa platesc TVA.
Totusi, pentru ceea ce am vandut (de ex. cei 3 saci care sunt minus), eu am platit tva, conform facturii. De ce sa mai platesc o data?
Ma poate ajuta cineva, va rog?