Cum se calculeaza indemnizatia de CO pentru un angajat al unui institut de cercetari, cu CCM pe institutie, in care sunt prevazute clauze favorabile angajatului?

Buna ziua,
Sunt cercetator in cadrul unui INCD, cu CCM ce contine anumite prevederi, favorabile angajatului, in ceea ce priveste indemnizatia pentru CO(.
Voi da un exemplu concret:
- conform legii, indemnizaţia de concediu de odihnă reprezintă media zilnică a drepturilor salariale (se vor lua în calcul salariul de bază, sporurile de indemnizaţie cu caracter permanent) din ultimele trei luni anterioare lunii în care se acordă concediul;
- conform CCM al institutului unde lucrez, pe durata CO, salariatii vor primi o indemnizatie formata din salariul de baza la data plecarii in concediu, proportional cu numarul de zile de concediu, majorata cu procentul mediu al celorlalte venituri salariale realizate pe o perioada de 3 luni lucrate inaintea plecarii in concediu.
Aceasta prevedere a fost introdusa deoarece sunt persoane care sunt remunerate din proiecte conform HG 475/2007, iar suma ce li se cuvine este mai mare decat venitul provenit din salariul de baza...aceste venituri neavand caracter permanent, nu pot intra in calculul indemnizatiei, cel definit de legislatie.
Care este solutia: se respecta CCM/ institut sau nu?...Pun aceasta intrebare deoarece ani de zile platim contributii la stat pe tot ceea ce castigam, dar indemnizatia de concediu nu beneficiaza de nimic din veniturile realizate efectiv.