Refacturare transport si productie pe baza de comanda

Buna ziua!
O societate efectueaza livrarea de marfa in tara cu o firma de curierat, iar pe facturile emise catre client apare contravaloarea transportului. Mentionez ca la alte activitati secundare apare si codul CAEN de transport. E corect sa refactureze transportul?
Societatea produce pe baza de comanda.La persoanele fizice trebuie sa emita bon fiscal daca exista o comanda anterioara (cele care vin sa-si ridice produsele)?
Va multumesc!