Costurile se stabilesc de catre INEC in functie de obiectivele stabilite pentru expertiza de catre parchet/ instanta de judecata. Parchetul plateste expertizele comandate, dar daca o parte in dosar solicita sa plateasca expertiza, atunci procurorul de caz poate fi de acord.
Instanta de judecata stabileste partea in proces careia i se acord expertiza si aceasta plateste onorariul. Instanta poate stabili ca onorariul sa fie platit de ambele parti in proces.