firma comert amanunt

Pentru comert cu ridicata, pentru ca asta ati facut, va trebuie autorizare pentru alt cod CAEN.
Aceasta situatie duce la confiscarea veniturilor obtinute.
Ar fi bine sa aveti acest cod in actul constitutiv si sa trebuiasca doar sa-l autorizati.

daca desfasurati si comert cu ridicata (e corect cu factura si chitanta) si cu amanuntul (obligatoriu casa de marcat), trebuie sa separati si gestiunile.

"exercitarea de activităţi de comerţ cu ridicata şi comerţ cu amănuntul în aceeaşi structură de vânzare, respectiv suprafaţă de vânzare" ce sanctioneaza cu amendă de la 2.000 lei la 10.000 lei şi cu interzicerea uneia dintre cele două activităţi;
Ordonanţa nr. 99/2000 (r1) privind comercializarea produselor şi serviciilor de piaţă,
Monitorul Oficial, Partea I nr. 603 din 31/08/2007

chiar daca facturile de vanzare au valorii mai mari de 3000 iar pesoanele catre care sau facut aceste facturi sunt persoane juridice care au dorit factura + chitanta?

Codul de procedura fiscala prevede confiscarea veniturilor ce sunt aferente unor activitati neautorizate. Prin autorizarea activitatii unei societati se intelege conform Legii 359/2004 actualizata inregistrarea unei declaratii pe proprie raspundere la Registrul Comertului privind toate activitatile desfasurate. In urma acestei declaratii Registrul Comertului elibereaza un certificat constatator in care se mentioneaza activitatile autorizate pe care le poate desfasura societatea.
In concluzie va indicam sa verificati ce activitati autorizate aveti declarate in certificatul constatator pentru a autoriza si alte activitati pe care le desfasurati.

Asa cum a precizat si @gigelin, daca aveti autorizata doar activitatea de comert cu amanuntul, trebuie sa aveti casa de marcat, sa emiteti bon fiscal pentru vanzarile efectuate, chiar si catre PJ (pana in 5000 lei).
Daca in actul constitutiv nu aveti trecuta activitatea de comert cu ridicata, veniturile obtinute se confisca.
Nu conteaza valoarea facturilor, ci faptul ca nu aveti dreptul sa desfasurati aceasta activitate, de comert cu ridicata.