Factura de TVA emisa dupa control

Buna ziua,

Am o mica neintelegere cu prividere la facturile emise dupa control si la modul in care acestea se inregistreaza in contabilitatea.

Firma despre care vorbesc a depasit plafonul si a fost nevoita sa plateasca tva-ul pentru 5 luni de activitate cu posilibatea de a realiza facturi emise dupa control pentru colectarea tva-ului.
Pe baza controlului s-a stabilit o suma de platit si deja s-a platit suma. TVA-ul a fost inregistrat pe baza foii de control.

Intrebarea mea, noi am facut mai multe facturi dupa control pentru colectare. Din cate am inteles acestea nu mai trebuie sa fie inregistrate in contabilitate deoarece TVA-ul a fost inregistrat de control.
Noi am incasat banii pe aceste facturi emise dupa control.
Cum putem justifica in contabilitate ca am incasat acesti bani? Practica noi nu trebuie sa inregistram tva-ul ca a fost inregistrat, dar trebuie inregistrat ca am primit banii prin banca.
Cum putem face acest lucru?

Multumesc mult!