decizie civila pentru anularea actului de control privind TVA

am si eu o intrebare, societatea la care lucrez a dedus tva-ul aferent cheltuielilor reperzetand servicii de cazare si achizitii de cartele telefonice pentru colaboratorii din cadrul grupulu., In urma controlului organul de control a constatat ca aceste cheltuieli nu sunt de natura celor prevazute de art.128(4) si 129 (3)lit.b din L571/2003 si nu sunt efectuate de persoanele si in scopul prevazut la art.21(2) lit.e din L.571/2003 si nu a acordat dreptul de deducere si a recalculat TVA plus majorari. In urma procesului intentat de socitatea la care lucrez curtea de apel a stabilit prin decizie civila anularea deciziei organului de control, dand castig de cauza societati. TVA era aferent anului 2006, in urma controlului si deciziei de impunere, s-a platit TVA si penalitatile calculate si s-a inregistrat in contabilitate in 658* si a fost considerata cheltuiala nedeductibila. La timpul controlului apartineam de administratia fiscala locala fiind contribubil mijlociu, la data la care am primit decizia civila apartineam de ANAF -DGAMC Bucuresti. Intrebarea mea este cum ne inregistram in contabilitate si cum cerem returnarea TVA-ului si penalitatilor, conform decizie civile care a anulat decizia DGFP?:-/