Problema CUI/CIF este foarte bine explicata aici:
[ link extern ] .
Pe facturi se trece CIF-ul, indiferent cui facturezi (in cazul tau, fiind neplatitor de TVA folosesti codul de pe certificatul de inregistrare; in cazul in care esti platitor de TVA se foloseste codul de pe certificatul de inregistrare in scopuri de TVA, care de fapt este acelasi cod, numai ca are un RO in fata).
Atunci cand emiti facturi externe (INVOICE) folosesti o serie iar pentru facturi interne se foloseste alta serie; se gestioneaza mai usor asa, dar nu stiu sa fie vreo reglementare expresa in acest sens.