Restituire avans contract de lucrari anulat

Va supun atentiei urmatoarea speta:
Are loc o licitatie publica pentru un contract de lucrari. Se incheie licitatia si se atribuie contractul. Rezultatul licitatie este contestat la CNSC. Autoritatea contractanta incheie contraul de lucrari cu noi inainte ca CNSC sa solutioneze contestatia si mai mult ne achita un avans pentru lucrarile respective, in baza contractului, fara a cere constituirea garantiei de returnare a avansului. Bineinteles, contractul se anuleaza si se incheie un act aditional in care se precizeaza acest lucru, fara insa a se preciza termenul de returnare a avansului. De altfel in acest act aditional nu se precizeaza nimic referitor la returnarea avansului. Primim insa adresa din partea autoritatii contractante cu privire la aceasta si returnam o parte din avans. Autoritatea contractanta are control de la Curtea de Conturi si i se invedereaza sa ia masurile necesare pentru recuperarea restului de avans. Ni se emite factura de majorari de intarziere, dobanzi calculate conform codului fiscal in baza legii finantelor publice dar si penalitati de intarziere conform Contractului de lucrari anulat si daune( pentru neexecutarea contractului din culpa executantului).Suntem invitati la conciliere directa si ne intelegem cu domnul primar, reprezentantul autoritatii contractante ( este vorba de o primarie) sa achitam in 2 zile restul de avans si dansii sa renunte la penalitati. Se consemneaza in procesul-verbal al concilierii acest lucru.Achitam restul de avans conform intelegerii.Dupa o vreme suntem chemati in judecata la Tribunalul Comercial pentru plata penalitatilor calculate in acelasi mod (si in baza Codului fiscal si in baza contractului de lucrari. In cererea de chemare in judecata se aminteste de procesul verbal de conciliere si de renuntarea la penalitati, insa isi motiveaza cererea pe motiv ca primarul nu avea voie sa renunte la penalitati fara acordul Consiliului local.
As avea urmatoarele intrebari: Dat fiind faptul ca in urma modificarilor legislative Contractul de achizitie este considerat contract comercial si nu administrativ, poate autoritatea contractanta sa ceara penalitati in baza Codului de procedura fiscala?
E plauzibila afirmatia conform careia primarul nu putea renunta la penalitati fara acordul consiliului local? Ce sanse au sa castige in instanta aceste penalitati?
Va multumesc.